Foram os criadores de uma arte marcial japonesa conhecida como Shinobi.
"Trata-se de um conjunto de táticas de espionagem, praticadas por guerreiros mascarados, especialistas em truques fraudulentos", diz o historiador Masanori Fukushima, da Universidade Takushoku, no Japão.
Não se sabe onde termina a história e começa a lenda, pois, por ser uma técnica de espiões, o Shinobi era secreto e transmitido apenas oralmente.
Acredita-se que tenha surgido no reinado do imperador Shotoku (718-770) e se difundido por todo o Japão durante o período conhecido como Sengoku (1467-1568).
O país passava por diversas guerras civis e as técnicas ninja começaram a ser adotadas por famílias que habitavam as montanhas no centro da ilha de Honshu, a maior do Japão.
Quando necessário, as famílias se uniam para combater inimigos comuns.
Os ninjas praticamente desapareceram durante o período Edo (1603 a 1868), quando acabaram as guerras internas.
Nessa época, as famílias ninja foram repudiadas pela sociedade feudal vigente, submetidas a taxas de impostos exorbitantes e à perseguição.
Apesar disso, o ninjutsu continuou a existir, mais secreto ainda.
Os principais inimigos dos ninjas eram os samurais, que ajudavam a manter o poder dos senhores feudais.
No período seguinte da história do Japão, iniciado com o império de Meiji, em 1868, tanto os samurais quanto os ninjas foram proibidos de usar armas.
O objetivo de Meiji era integrar o país à era moderna e ao resto do mundo.
No início do século 20, porém, os ninjas voltaram a ser usados como espiões, durante a ocupação da Manchúria, na China, pelo Japão.