Surpreendentemente não muito se sabe ou é registrado sobre os ninjas após a guerra russo japonesa ate o fim da década de 60. A expansão no comercio mundial do Japão resultou na invasão da china e a ocupação total da Manchúria, fazendo nos presumir que tais operações fizeram pleno uso dos métodos dos antigos ninjas.
Sabe-se que as vastas redes de espionagem estabelecidas pelos japoneses na Manchúria e que certos senhores da guerra Chineses desapareceram misteriosamente ao surgir qualquer tipo de dissidência. Nas verdadeiras tradições dos antigos ninjas, agentes foram desaparecendo à Manchúria muito antes da invasão japonesa. Estes espiões, agindo como uma quinta coluna, estabeleciam-se nas cidades e aldeias Chinesas obtendo emprego em todos os segmentos da vida Chinesa, enviando informações secretas ao governo Japonês para a ocupação ser feita mais suavemente. Tais informações incluíam forças de tropas, localização de munição, fabricas e rotas de suprimento, o animo das pessoas, como melhor usar a propaganda como eram, em suma, qualquer coisa que pudesse ser usada para subversão.
Bastante envolvida com o serviço secreto japonês naquela época
era sociedade do Dragão Negro, cujos princípios podem provir de
um clã ninja que se tornou clandestino há cerca de mais de 200
anos, mas pouco tem sido documentado ou se sabe sobre tais grupo se os seus
contemporâneos.
Parece um estranho paradoxo que a historia mencione muitas das exploração
ninjas ate cerca de 1650 e após inexistente informação
sobre eles. Uma vez revelado, um segredo, este segredo deixa de ser segredo
e um ninja, uma vez descoberto deixa de ser eficiente. Supõe-se que com
o advento dos métodos de comunicação e espionagem, necessidade
patológica do segredo continuou mais profunda. Assim, para todos os fins,
a historia nos teria feito acreditar que os clãs ninjas deixaram de funcionar
como organização como organização com a vinda do Shogunato Tokugawa. Porem, aceitar isto como um fato seria ingenuidade.
Uma fundação de quase mil anos de experiência em espionagem, atividade secretas e assassinatos políticos, sem mencionar um maquina de propaganda em constante uso para manter o povo comum em suspense pelas táticas do medo, não seria simplesmente desperdiçada só porque prevaleceu um tempo de paz. Vamos voltar ao arte da guerra de Sun Tsu que indica que através de um sistema de espionagem bem montado e posicionado, um governo pode ser derrubado sem espadas ensanguentadas. Assim há pouca duvida que o primeiro trabalho de Hanzo Hattori de fixar um sistema de espionagem governamental em escala nacional com seus clãs ninjas para Tokugawa Ieyasu proclamou o inicio de um serviço secreto altamente organizado. Pode-se apenas conjectura a ponto os ninjas foram empregados na segunda guerra mundial, mas alguns historiadores de artes marciais contemporâneos sugeriram que pra assassinar o general MacAthur foram inspirados nos ninjas.